1998 zerstört der schreckliche Wirbelsturm „Mitch" weite Teile des Landes. Ungefähr 10.000 Menschen werden dabei getötet. Honduras, das ohnehin kein reiches Land ist, muss jetzt viel Geld in den Wiederaufbau stecken. Dieses Geld fehlt dann, um z.B. Schulen und Krankenhäuser zu bauen und mehr Lehrer auszubilden.
2005 gewinnt Manuel Zelaya Rosales die Präsidentschaftswahl. Er verspricht, etwas gegen die Armut und die Kriminalität im Land zu tun.
Am 28.6.2009 wird Zelaya vom Militär gestürzt und aus dem Land verschleppt. Strom, Radio und Fernsehen werden im ganzen Land abgeschaltet (wahrscheinlich, damit niemand über die Geschehnisse berichten kann). Roberto Micheletti wird zum Übergangspräsidenten ernannt. Er wird aber von anderen Staaten nicht anerkannt. Die Nachbarländer von Honduras schließen ihre Grenzen, und viele Länder holen ihre Botschafter aus Honduras zurück.